知网查重工具无法分辨章节的主要原因在于其算法设计上存在一定的局限性。通常情况下，查重工具是基于文本的整体相似度来进行比对，而并不会深入到文本的章节结构层面。这就导致了即使文本内容相似度很高，但如果章节划分不同，查重工具也无法正确识别。为了解决这一问题，可以尝试使用一些支持章节比对的专业查重工具，或者在使用普通查重工具时，事先将文本按照章节进行划分，以提高查重的准确性。

除了章节结构外，知网查重工具无法分辨章节的原因还可能涉及到文本的格式问题。有些查重工具对于不同格式的文本可能识别能力存在差异，导致无法准确比对章节。此外，一些查重工具可能对于中英文混排、图片、表格等内容的识别也存在局限性，进而影响了章节的识别。为了解决这一问题，可以尽量使用纯文本格式的文档进行查重，避免复杂的格式排版，以提高查重工具的识别准确性。